Nazwy wodne znalazły się w kręgu zainteresowania językoznawców na początku XX w. Badania i prace nad hydronimami były ukierunkowane „etnogenetycznie”, służyły do ustaleń pierwotnego zasiedlenia ludów Europy. Problematyką hydronimiczną zajmowało się wielu polskich językoznawców-diachronistów: Jan Rozwadowski, Tadeusz Lehr-Spławiński, Mikołaj Rudnicki, Jerzy Nalepa, Zbigniew Gołąb, Leszek Bednarczuk, a także badacze niemieccy: Wolfgang P. Schmid oraz Jürgen Udolph . W badaniach nazw wodnych Polski prowadzonych od drugiej połowy XX w. wyróżnić można kilka faz: pierwsza doprowadziła do stworzenia bazy hydronimów w układzie hydrograficznym, druga polegała na opracowywaniu historyczno-etymologicznych monografii nazw wodnych z obszaru mniejszych dorzeczy, trzecia miała przygotować pełne słownikowe zestawienie – na podstawie dotychczasowych opracowań i nowych ekscerpcji – wszystkich hydronimów z obszaru Polski, z ich bogatą dokumentacją historyczną, gwarową oraz etymologią.
Pierwsze stadium badań zamknęły publikacje nazw wodnych dwu wielkich dorzeczy Wisły i Odry: „Hydronimia Wisły. Wykaz nazw w układzie hydrograficznym” pod red. Przemysława Zwolińskiego (HW) oraz „Hydronimia Odry. Wykaz nazw w układzie hydrograficznym” pod red. Henryka Borka (HO).
Drugi etap opracowań hydronomastycznych zapoczątkował Janusz Rieger pracą „Nazwy wodne dorzecza Sanu” (RiegSan). Kilka lat później ukazały się „Nazwy rzeczne dorzecza Warty” (Warta) autorstwa J. Riegera i Ewy Wolnicz-Pawłowskiej oraz „Nazwy rzeczne Pomorza między dolną Wisłą a dolną Odrą” Ewy Rzetelskiej-Feleszko i Jerzego Dumy (RzDumaP). W latach osiemdziesiątych opublikowane zostały: „Hydronimia dorzecza Orawy” Milana Majtána i Kazimierza Rymuta (HOr) oraz „Hydronimia dorzecza Pregoły z terenu Polski” Marii Biolik (Biolik), a w latach dziewięćdziesiątych: „Nazwy wód stojących w dorzeczu Bałtyku między dolną Odrą a dolną Wisłą” Aleksandry Belchnerowskiej (Belch). Opracowania te zawierają słowniki nazw wodnych i krótkie rozdziały syntetyczno-interpretacyjne.
Hydronimią polską interesowali się również badacze niemieccy, spory wkład w opracowanie nazw wodnych wniósł J. Udolph, który opublikował dwie obszerne monografie (i wiele pomniejszych artykułów) dotyczące najstarszych warstw nazewniczych: „Studien zu slawischen Gewässernamen und Gewässerbezeichnung” (UdolphStud) oraz „Die Stellung der Gewässernamen Polens innerhalb der alteuropäischen Hydronymie” (UdolphStell). To zainteresowanie badaczy niemieckich - W. P. Schmida i J. Udolpha toponimią słowiańską zainicjowało jeden z ważniejszych (jeśli nie najważniejszy), hydronomastycznych projektów wydawniczych, serię „Hydronymia Europaea” (HE), która powstała w wyniku współpracy między Instytutem Języka Polskiego PAN w Krakowie i Akademią Nauki i Literatury w Moguncji. Cel, metody i zasady redakcyjne tego wielotomowego przedsięwzięcia zostały przedstawione w zeszycie wstępnym wydanym po niemiecku (z polskim streszczeniem) pt. „Hydronymia Europaea. Einführung. Ziele. Grundlagen. Methoden” (Zeszyt wstępny. Cel. Metoda. Zasady redakcyjne) autorstwa W. P. Schmida, K. Rymuta i J. Udolpha. W ramach serii w latach 1985–2005 ukazało się 20 monografii (wydanych po niemiecku) obejmujących słowniki hydronimów mniejszych dorzeczy i zlewni jednolicie opracowanych przez polskich językoznawców:
H. Górnowicz „Gewässernamen im Flußgebiet der unteren Weichsel” (Nazwy wodne dorzecza dolnej Wisły) (HE I);
E. Rzetelska-Feleszko „Die Zuflüsse zur Ostsee von der Weichselmündung bis zur Persante” (Dopływy Bałtyku od ujścia Wisły do Parsęty) (HE II);
J. Rieger „Gewässernamen im Flußgebiet des Wisłok” (Nazwy wodne dorzecza Wisłoka) (HE III);
J. Duma „Zuflüsse zur unteren Oder und zur Ostsee bis zur Persante” (Nazwy dopływów dolnej Odry oraz Bałtyku po ujście Parsęty) (HE IV);
M. Biolik „Zuflüsse zur Ostsee zwischen unterer Weichsel und Pregel” (Nazwy wodne dopływów Bałtyku między Wisłą a Pregołą) (HE V);
H. Mól „Gewässernamen im Flußgebiet des Wieprz” (Hydronimia dorzecza Wieprza) (HE VI);
A. Belchnerowska „Die Namen der stehenden Gewässer im Zuflußgebiet der Ostsee zwischen unterer Oder und unterer Weichsel” (Nazwy jezior w dorzeczu Bałtyku między dolną Odrą i dolną Wisłą) (HE VII);
M. Biolik „Die Namen der stehenden Gewässer im Zuflußgebiet des Pregel und im Einzugsbereich der Zuflüsse zur Ostsee zwischen Pregel und Memel” (Nazwy wód stojących dorzecza Pregoły i dopływów Bałtyku między Pregołą a Niemnem) (HE VIII);
K. Rymut „ Gewässernamen im Flußgebiet der oberen Weichsel von der Quelle bis zu Soła und Przemsza” (Nazwy wodne dorzecza górnej Wisły od źródeł do Soły i Przemszy) (HE IX);
E. Bilut „Gewässernamen im Flußgebiet des Westlichen Bug” (Nazwy wodne dorzecza Bugu) (HE X);
M. Biolik „Die Namen der fließenden Gewässer im Flußgebiet des Pregel” (Nazwy wód płynących dorzecza Pregoły) (HE XI);
K. Rymut „Rechte Zuflüsse zur Weichsel zwischen Soła und Dunajec” (Nazwy wodne prawobrzeżnych dopływów Wisły między Sołą a Dunajcem) (HE XII);
K. Rymut i M. Majtán „Gewässernamen im Flußgebiet des Dunajec” (Nazwy wodne dorzecza Dunajca) (HE XIII);
J. Duma „Gewässernamen im linken Zuflußgebiet der Weichsel zwischen Pilica und Brda” (Nazwy wodne w zlewisku lewych dopływów Wisły po ujście Brdy) (HE XIV);
K. Rymut „Gewässernamen im rechten Zuflußgebiet der Weichsel zwischen Dunajec und Wisłok” (Nazwy prawobrzeżnych dopływów Wisły między Dunajcem a Wisłokiem) (HE XV);
K. Rymut „Gewässernamen im linken Zuflußgebiet der Weichsel zwischen Przemsza und Pilica” (Nazwy lewobrzeżnych dopływów Wisły od Przemszy do Pilicy) (HE XVI);
J. Rieger „Gewässernamen im Flußgebiet des San”, Teil I: Die fließenden Gewässer, A–O (Nazwy wodne dorzecza Sanu, cz. I: Nazwy wód płynących, A–O) (HE XVII);
J. Rieger „Gewässernamen im Flußgebiet des San”, Teil I: Die fließenden Gewässer, P–Ż; Teil II: Die stehenden Gewässer (Nazwy wodne dorzecza Sanu, cz. I: Nazwy wód płynących, P–Ż; cz. II: Nazwy wód stojących) (HE XVIII);
M. Biolik „Gewässernamen im Flussgebiet der Narew von der Quelle bis zur Einmündung der Biebrza”, Teil I: Die fließenden Gewässer (Nazwy wodne dorzecza Narwi od źródeł do ujścia Biebrzy, cz. I: Nazwy wód płynących) (HE XIX);
M. Biolik, „Gewässernamen im Flußgebiet der Narew von der Quelle bis zur Einmündung der Biebrza”, Teil II: Die stehenden Gewässer (Nazwy wodne dorzecza Narwi od źródeł do ujścia Biebrzy, cz. II: Nazwy wód stojących) (HE XX).
Seria objęła prawie całe dorzecze Wisły, obszar Przymorza, wbrew jednak wcześniejszym zamierzeniom nie udało się opracować wszystkich hydronimów z obszaru Polski.
Monografie „Hydronymia Europaea” mają charakter słowników etymologiczno-historycznych, zestawiają nazwy wód płynących i osobno – nazwy wód stojących w obrębie danego dorzecza, wraz bogatym materiałem toponimicznym, genetycznie powiązanym z konkretnymi hydronimami (tzw. kontekst onimiczny). Kanon źródeł serii zawiera ok. 1000 pozycji, wśród nich źródła drukowane i rękopiśmienne (głównie z kartotek słowników historyczno-geograficznych Polski w średniowieczu) oraz mapy.
W podobny sposób (jak monografie w języku niemieckim) opracowano i wydano po polsku hydronimy dorzecza Warty: „Nazwy wodne dorzecza Warty od źródeł do ujścia Prosny” autorstwa E. Wolnicz-Pawłowskiej (Wolnicz-Pawłowska, Warta) i w dwu tomach „Nazwy wodne w dorzeczu Warty od Prosny po ujście do Odry” (z wyłączeniem dorzecza Noteci) J. Dumy (Duma, Warta I i II).
W powiązaniu z tomami serii powstawały pełniejsze analizy fragmentów systemu hydronimicznego, wyróżnić tu należy modelowe opracowanie lewobrzeżnych dopływów Wisły od Pilicy do Brdy autorstwa J. Dumy (DumaNrzek). Podsumowaniem tych dwu etapów prac są indeksy a fronte i a tergo „Nazwy wód w Polsce”, zestawione przez W. Szulowską i E. Wolnicz-Pawłowską (2001, 2002) na podstawie: „Hydronimii Wisły” (HW) i „Hydronimii Odry” (HO), sześciu polskich monografii hydronimicznych wydanych w latach 1975–1993 (zob. wyżej) oraz 15 monografii z serii „Hydronymia Europaea” (szerzej te dwa ważne okresy badań hydronomastycznych omawia E. Wolnicz-Pawłowska, zob. OnwP s. 47–60).
Wśród znaczących pozycji należy jeszcze wymienić monografię Zbigniewa Babika „Najstarsza warstwa nazewnicza na ziemiach polskich” (Babik). Oprócz wymienionych monografii ukazywały się także liczne artykuły i szkice poświęcone problematyce hydronimicznej (ich pełny przegląd podaje „Bibliografia onomastyki polskiej”) dotyczące etymologii poszczególnych nazw rzek i jezior, budowy słowotwórczej, semantyki podstaw, wariantywności i stosunków etnolingwistycznych. Miejsce specjalne w bibliografii hydronomastycznej zajmują dwa zbiory pokonferencyjne (z końca ubiegłego wieku), wydane pod redakcją K. Rymuta pt. „Hydronimia słowiańska” (HS I i HS II), które przedstawiają osiągnięcia oraz wyznaczają kierunki badań tej subdyscypliny onomastyki. Obok opracowań onomastycznych powstają także gazetery — wykazy standaryzowanych nazw wodnych wraz z lokalizacją w układzie alfabetycznym, zestawiane przy udziale językoznawców: „Nazewnictwo geograficzne Polski” (t. I. Hydronimy, cz. 1: Wody płynące, źródła, wodospady, cz. 2: Wody stojące; HPol I i II). W 2013 roku ukazały się jeszcze dwie monografie: opracowanie odapelatywnych nazw wód płynących dorzecza Wisły Urszuli Bijak (Bijak, Wisła) oraz E. Wolnicz-Pawłowskiej „O nazwach wodnych Polski” (OnwP) stanowiące swego rodzaju podsumowanie stanu badań nad Polską hydronimią, zawierające także polską terminologię hydronimiczną i hydrograficzną, opis nazw przyimkowych, słownik hydronimów z dorzecza Wisły między Wieprzem a Bugiem i Dniestru z obszaru Polski.
Trzecia faza prac nad hydronimią miała przynieść opracowanie polskiego hydronomastykonu, obejmującego całość nazw wodnych na obszarze Polski. Potrzebę powstania takiego słownika, po opracowaniu według jednolitych zasad monografii poszczególnych dorzeczy, sygnalizował już J. Rieger na konferencji w Szczedrzyku w 1979 r. Cel, założenia metodologiczne, podstawowe zasady redakcyjne słownika „Nazwy wodne Polski”, a także propozycje organizacji pracy i różnice między pełnym hydronomastykonem a serią HE przedstawił w 2002 r. na łamach „Onomastików” K. Rymut (XLVII, 2002, 37–48), który w 2005 r. uzyskał środki finansowe z Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego na stworzenie elektronicznej bazy tekstowej słownika Nazwy wodne Polski. Efektem tego projektu, realizowanego w latach 2005–2008 przez zespół pod kierownictwem K. Rymuta w składzie: Barbara Czopek-Kopciuch, Urszula Bijak, Wanda Makula-Kosek, Halszka Górny (od 2007 r.), Henryka Mól, Rozalia Przybytek, Elżbieta Supranowicz i Urszula Wójcik, było powstanie alfabetycznej bazy hydronimów z dokumentacją historyczną (przygotowanej w edytorze WORD), która objęła nazwy obiektów wodnych naturalnych i sztucznych, także nazwy obiektów zaginionych — w granicach współczesnej Polski. Baza ta miała się stać, po opracowaniu etymologii, podstawą do wydania wielotomowego papierowego słownika nazw wodnych. Podstawą materiałową tego projektu były publikacje książkowe oraz kartoteki i materiały robocze przekazane przez autorów monografii serii HE (były one skanowane, niekiedy przepisywane i przetwarzane zgodnie z zasadami redakcyjnymi słownika) uzupełniane nowymi zapisami z map historycznych i współczesnych, opracowań historycznych i onomastycznych, materiałów Komisji Nazw Miejscowości i Obiektów Fizjograficznych, wykazów hydronimów współczesnych. Rozwój słowników elektronicznych w ostatnich latach, zaniechanie ich publikacji w tradycyjnej papierowej formie spowodował, iż prace zostały nakierowane na przygotowanie elektronicznej edycji słownika nazw wodnych.
Prezentowany „Elektroniczny słownik hydronimów Polski” jest pierwszym, polskim elektronicznym onomastykonem udostępnionym w Internecie na zasadzie open access. Powstał w ramach grantu nr 11H12025881, finansowanego przez Narodowy Program Rozwoju Humanistyki. Hydronomastykon grupuje nazwy wodne z obszaru całej Polski i jest specyficznym przykładem słownika wtórnie skomponowanego z „papierowych” słowników nazw mniejszych dorzeczy, znacznie jednak poszerzonego przez dodatkowe ekscerpcje.
Materiał źródłowy został wzbogacony (podczas trwania pierwszego i drugiego projektu, jak i w okresie pomiędzy nimi) zarówno o zapisy ze słowników historyczno-geograficznych średniowiecznych województw i ziem: krakowskiego (SHGKr), lubelskiego (SHGLu), płockiego (SHGPł), poznańskiego (SHGPn), ziemi chełmińskiej (SHGCh), ziemi sanockiej (SHGSk), wyszogrodzkiej (SHGWy), warszawskiej (SHGWarsz), wydanych tomów atlasu szesnastowiecznych województw (tu głównie w zakresie identyfikacji wielu obiektów): krakowskiego (AtKr), sandomierskiego (AtSd), lubelskiego (AtLu), sieradzko-łęczyckiego (AtSk), mazowieckiego (AtMz), „Słownika nazw miejscowych okręgu mazurskiego” Leydinga (Ley), ”Słownika geograficznego Polski Zachodniej i Północnej” S. Rosponda (Rosp), „Nazw geograficznych Śląska” (SNGŚl), map historycznych i współczesnych dostępnych w szerokim zakresie w Internecie oraz kartotek rękopiśmiennych, m.in. Józefa Domańskiego (DomKart), słownika historycznego woj. mazowieckiego (SHGMz). Utworzono „zalążki” artykułów hasłowych odnoszące się do hydronimów, które nie były dotąd opracowane (ani przez onomastów, ani historyków) z uwzględnieniem „Hydronimii Wisły” (HW) i Hydronimii Odry (HO), materiałów roboczych Komisji Nazw Miejscowości i Obiektów Fizjograficznych powstałych podczas standaryzowania hydronimów oraz wykazu nazw standaryzowanych „Nazewnictwo geograficzne Polski” (HPol). Oprócz uzupełniania materiałów źródłowych, przeprowadzono w szerokim zakresie weryfikację wielu zapisów i, dzięki szerokiemu dostępowi do map, dokonano identyfikacji i lokalizacji wielu obiektów.
Słownik zawiera nazwy wodne z obszaru Polski w jej dzisiejszych granicach; nazwy własne naturalnych i sztucznych obiektów wodnych, cieków (rzek, strug, strumieni, potoków, kanałów, rowów, wodospadów, źródeł), wód stojących (jezior, zalewów wodnych, stawów naturalnych i sztucznych, rybnych i przydomowych) oraz bagien, błot, trzęsawisk. Jeśli jakiś obiekt wodny znajduje się na granicy państwa, przecina tę granicę, uwzględnione zostały tylko nazwy części obiektu, leżące na terenie naszego kraju (np. górny, środkowy, dolny bieg rzeki, część kanału, część jeziora). Północną granicę obszaru objętego słownikiem wyznacza morska linia brzegowa.
Artykuł hasłowy obejmuje wszystkie nazwy, także innojęzyczne, określające dany obiekt wodny. Jeśli jakiś obiekt wodny - rzeka, jezioro, bagno itd., miał w przeszłości różne nazwy, to zapisy zebrane zostały w jednym haśle w układzie chronologicznym. Tytułem hasła jest urzędowa forma nazwy wodnej przyjęta przez Komisję Ustalania Nazw Miejscowości i Obiektów Fizjograficznych. Jeśli jakaś nazwa nie została zarejestrowana przez Komisję, to tytułem hasła staje się poprawna językowo forma nazwy dziś używana. W przypadku nazw zaginionych, dotyczy to głównie nazw obiektów wodnych dziś już nieistniejących, tytułem hasła będzie forma językowa najbardziej reprezentatywna, najpóźniej poświadczona. Jeśli zaginiona nazwa jest nazwą obcą (staropruską, niemiecką, litewską itd.), to tytułem hasła jest ta obca nazwa, ale zapisana zgodnie z obecną pisownią. W przypadku nazw złożonych typu Babia Rzeka, Potok Bański na czoło hasła wysunięty jest człon odróżniający, a po nim termin hydrograficzny, a więc Babia Rzeka, Bański, Potok (w szyku przestawnym, jeśli termin hydrograficzny stoi na pierwszym miejscu). W wykazach zapisów historycznych utrzymujemy układ notowany w źródłach czy w wymowie gwarowej (Potok Bański). Analogicznie wyglądają hasła odsyłaczowe. Inwersja zastosowana została również w nazwach zestawionych z członami odróżniającymi typu Mały — Duży, Wielki itp. powiązanych lokalizacyjnie, genetycznie, np. tytułem hasła dla obiektów o nazwie Wielka Amalia i Mała Amalia, będzie forma Amalia, Wielka i Amalia, Mała.
Po tytule hasła, z użyciem odpowiednich skrótów, podany jest typ obiektu wodnego, np. rz. (= rzeka), pot. (= potok), jez. (= jezioro), st. (= staw), źr. (= źródło), następnie informacja o długości cieków w kilometrach (za wykazem z 2005 r. przygotowanym dla Komisji Nazw Miejscowości i Obiektów Fizjograficznych), a dla zbiorników wodnych (jeziora, stawy) o powierzchni w hektarach.
Kolejnym elementem artykułu hasłowego jest lokalizacja obiektu wodnego. Dla wód płynących podajemy czy jest to lewy czy prawy dopływ rzeki (ld., pd.) i kolejne recypienty (podawany jest cały łańcuch aż do ostatniego ogniwa, którym jest np. Wisła lub Odra by możliwe było wyszukanie wszystkich obiektów w obrębie mniejszych lub większych dorzeczy) oraz orientacyjny opis biegu rzeki, a dla obiektów nieistniejących lub nie odnotowanych w Państwowym Rejestrze Nazw Geograficznych (zamieszczonym w Geoportalu) także współczesne województwo i gmina. W wypadku wód stojących podawana jest nazwa miejscowości, w której lub obok której obiekt się znajduje oraz województwo i gmina. Lokalizacja weryfikowana jest ze współczesnymi skanami map w Geoportalu, jeśli się różni od danych z map powiatowych z lat 60-tych tzw. „obrębówek” (lokalizacja podawana w HE i polskich monografiach oparta była właśnie na mapach w skali 1: 25 000) jest to sygnalizowane w Uwagach na końcu hasła.
Następnie prezentowany jest materiał historyczny (dokumentacja) w porządku chronologicznym: oryginalny zapis historyczny, data i skrót źródła, numer strony lub zapiski. Jeśli zapis pochodzi z kopii to datę objęto nawiasem, a po nawiasie podawana jest data sporządzenia kopii, podobnie w wypadku transumptu. W przypadku niewątpliwych falsyfikatów podajemy datę ustaloną przez wydawcę (znajdującą się w nagłówku dokumentu), a na końcu po stronie czy numerze dajemy kwalifikator fals. W przypadku map podajemy z reguły sektor, a jeśli mapy tych danych nie mają, to podawany jest tylko skrót omawianej mapy. Materiał dokumentacyjny kończy współczesny zapis nazwy wodnej (forma mianownika i dopełniacza) pochodzący z wykazu nazw standaryzowanych „Nazewnictwo geograficzne Polski” (HPol) i opatrzony datą 2006. Jeśli hydronim został zestandaryzowany później lub w innej formie niż w HPol-u podawany jest zapis z Państwowego Rejestru Nazw Geograficznych (PRNG), którego źródłem są urzędowe wykazy nazw (zamieszczane np. w dzienniku urzędowym Monitor Polski czy zeszytach UN), współczesne mapy topograficzne w skali 1 : 10 000, a niekiedy także wywiad terenowy. Po materiale historycznym przedstawiana jest etymologia nazwy wodnej (litery A–C). W etymologii wskazywana jest bezpośrednia podstawa nazwy i sposób derywacji. Przy nazwach wodnych pochodzących od apelatywów podawany jest wyraz pospolity słowotwórczo najbliższy nazwie wodnej; nawiązania prasłowiańskie, a także indoeuropejskie podawane są w sytuacji, gdy materiał polski nie wystarczy do wytłumaczenia genezy nazwy. W wypadku hydronimów pochodzących od nazw miejscowych cytowany jest najstarszy zapis ojkonimu motywujący nazwę wodną, niekiedy też jego podstawa, za słownikiem „Nazwy miejscowe Polski”(wraz z kartoteką; NMPol). Przy hasłach zawierających objaśnienia etymologiczne podawane są inicjały osoby redagującej hasło (Barbara Czopek-Kopciuch – BCz, Urszula Bijak – UB, Rozalia Przybytek – RP, Paweł Swoboda – PS). Nie jest prezentowany tzw. kontekst onimiczny czyli inne toponimy powiązane genetycznie i lokalizacyjnie z hydronimem (jak to było w serii HE), niekiedy takie nazwy umieszczane są w Uwagach. Hasło zamyka literatura podawana w wyborze, przede wszystkim cytowany jest odpowiedni tom HE wraz z nazwiskiem autora, także skróty innych monografii onomastycznych, słowniki historyczno-geograficzne oraz opracowania przynoszące istotne informacje źródłowe lub etymologiczne.
ESHP zawiera ok. 40 tys. haseł głównych oraz ok. 25 tys. haseł odsyłaczowych. Odsyłacze dokumentują fakt zmienności, różnorodności nazw oznaczających jeden obiekt wodny, które ujawniają się zwłaszcza w perspektywie diachronicznej. Ta tzw. polionimia czyli wielonazwowość przejawia się w istnieniu wariantów fonetycznych, morfologicznych, leksykalnych oraz nazw obocznych utworzonych od innych podstaw, a także obcojęzycznych (niemieckich, bałtyckich, innosłowiańskich). Zjawisko to jest dość charakterystyczne i intensywne w hydronimii, dokumentuje brak stabilności i załamywanie się tradycji nazewniczej w tej klasie nazw. Przykładem może być rzeka Brynica (pd. Białej Nidy), która na przestrzeni wieków miała kilka nazw: Bryniczka, Bystrzyca, Przyrwa, Zdanówka i Brynica.
Swoistą cechą dużych zbiorów toponimów jest obecność nazw równobrzmiących oznaczających różne denotaty. Zjawisko takie określane jako polireferencjalność wynika z powtarzalności motywów nazewniczych oraz wielokrotnych wyborów typowych modeli nazewniczych. W wypadku haseł równobrzmiących zastosowano numerację; nazwy równobrzmiące typu Biała (26 obiektów), Czarna (42 obiekty) zestawiane są dorzeczami (idąc od źródeł do ujścia) w następującej kolejności: dorzecze Wisły, Odry, Przymorze, Polska północno-wschodnia (Pregoła, Niemen), Dniestr, Orawa (najpierw wody płynące później stojące).
Niektóre rzeki posiadają odrębne nazwy odcinkowe (inaczej nazywany jest górny bieg, inaczej dolny), a jeziora nazwy części, zatok, toni. W takich wypadkach pełny materiał zestawiany jest w jednym haśle; na początku podawane są zapisy określające całą rzekę lub jezioro, najbliższe językowo postaci hasłowej, następnie zapisy dotyczące biegu górnego, środkowego, dolnego czy odpowiednio części jeziora. Zjawisko występowania nazw odcinków i części obiektów wodnych określić można jako specyficzny przykład meronimii onimicznej, w której realizuje się relacja całość – część a denotat pierwotny z wtórnym powiązany jest formalnie, przestrzennie i lokalizacyjnie . Przykładem rozbudowanej relacji meronimicznej może być Babulówka (rz. o długości 36 km) posiadająca n. odcinkowe: Złotka (gb.), Krzemieniec (śrb.) czy Bobrówka (rz. o długości 39 km), mająca 3 nazwy odcinkowe: Kamienica (gb.), Pobocznica (śrb.), Otolanka (db.), Jezioro Białokoskie obejmujące kilkanaście toni o nazwach: Barschzug, Luboski Rów, Na Luboski Rów, Na Fabrykę; Na Karpnik, Na Oleśnicę, Na Wierzby, Na Wrzostek, Na Wyspę, Pod Bruk, Pod Pniewy, Zgon, Przed Zgonem.
ESHP jest słownikiem historycznym, z dokumentacją źródłową obejmującą poświadczenia z różnorodnych typów źródeł całego drugiego tysiąclecia i początków XXI wieku, jest także słownikiem etymologicznym zrealizowanym na razie w obrębie haseł na litery A–C, następne będą sukcesywnie uzupełniane. Ze względu na obecność form współcześnie zestandaryzowanych może on być traktowany jako słownik poprawnościowy dla tej klasy nazw. Dzięki edycji elektronicznej jest to słownik „otwarty”, co pozwala na uzupełnianie materiału w miarę postępu badań szczegółowych i wprowadzanie korekt. Jest też możliwe rozbudowywanie słownika o nowe narzędzia oraz włączenie go w system elektronicznych (polskich i słowiańskich) onomastykonów. Na bazie ogólnopolskiego hydronomastykonu mogą być konstruowane mniejsze słowniki „derywowane”: regionalne, synchroniczne obejmujące wybrany przekrój chronologiczny, dotyczące wybranych typów obiektów wodnych czy wybranych struktur nazewniczych, także leksykony gniazdowe.
Moduł internetowy, gwarantujący szeroki dostęp dla badaczy, pozwoli również (mamy nadzieję) dotrzeć do lokalnych społeczności i zaangażować je w dalszy proces wzbogacania słownika o nazwy (formy nazw) pozostające w lokalnym użyciu oraz weryfikacje, identyfikacje niektórych obiektów, aby usunąć rozdźwięk między lokalnym rejestrem hydronimicznym a hydronimami zgromadzonymi przez instytucje centralne.
Na obszarze Polski wydziela się dziewięć obszarów hydrograficznych: dorzecze Odry (1), dorzecze Wisły (2), zlewnie Zalewu Szczecińskiego (3), Przymorza (4) oraz Zalewu Wiślanego (5), a także fragmenty dorzeczy czterech rzek, które wypływają poza granicami naszego kraju: Niemna (6), Dniestru (7), Dunaju (8) i Łaby (9). ESHP zawiera ponad 40 000 artykułów hasłowych odnoszących się do obiektów z wszystkich dorzeczy.